東直門醫院通州院區神經外科于2013年12月3日成立。神經外科配備床位37張，醫護人員24人。擁有德國萊卡熒光造手術顯微鏡、神經內鏡、GE數字剪影血管造影機、蛇牌動力系統、雙極電凝及立體定向系統，具備開展神經外科各種開顱及介入手術的硬件設備及人才梯隊。擁有神經重癥監護室NICU床位8張，引進德國Drager床旁監護系統，呼吸機，冰毯機、移動式X光機等多種設備。目前開設神經外科門急診，工作日均有專家出診。